אבנר גויס לצה"ל בשלהי יולי 1972 והתנדב לנח"ל. לאחר הטירונות שירת זמן-מה כמדריך חקלאי במדרשת הנח"ל ואחר-כך השתלם בקורס מ"כים וסיים כחניך מצטיין. לאחר שהשלים קורס צניחה הוסמך לענוד כנפי-צנחן. "אבנר אף פעם לא התלונן ולא גילה שקשה לו", סיפר אחד מידידיו. "בשיא החורף עשה את השתלמותו בקורס מ"כים, ולא התייאש". כשביקר בבית הוריו בחופשות הקצרות, תמיד ביקש לשמוע על כל אשר התרחש בהיעדרו ועל מעשיהם של אחיו, מאיר ואהרן. גם אצל חבריו ביקר ושאל לשלומם. אחת לשנה נפגש עם כל חבריו לספסל הלימודים בכנס השנתי, שנערך ב"מקוה ישראל". אבנר נודע ביחידתו כחייל טוב ומסור, וידיד למופת. על אף שלא היה איש צבא ולא היה שוחר קרב, ביקש להשלים את שירות החובה שלו ולתרום ממרצו ומתבונתו למען צה"ל ולמען מדינת ישראל. כשפרצה מלחמת יום הכיפורים נשלחה יחידתו לרמת הגולן. אבנר השתתף בקרבות הבלימה נגד התקפות הסורים ופעל כמפקד כיתת רובאים. ביום י"א בתשרי תשל"ד (7.10.1973) נפגע אבנר ונהרג בזחל"ם ליד תל-סאקי, בפעולה שבעבורה הוענק למפקד המחלקה שלו "עיטור העוז". בארנקו נמצא פתק קטן, שנתגלה לאחר נופלו. בפתק היה כתוב: "וכי מה יכול להיות יפה יותר / שמש שוקעת מעבר לגבעה והאופק / מדגל הלאום המתנופף לאיטו /במרכז מאהל יפה ומסודר / כאשר דמויות בירוק זית / נעות בשטח למרגלות סלעים, אבנים ועל קוצים ודרדר / כה יפה היא השקיעה שאין דומה לה". אבנר הובא למנוחת-עולמים בבית-העלמין האזרחי בשדה אילן. השאיר אחריו הורים ושני אחים. לאחר נופלו הועלה לדרגת סמל.

במכתב תנחומים להורים השכולים כתב שר הביטחון דאז, רב אלוף משה דיין: "אבנר ז"ל שירת בנח"ל. הוא היה חייל מסור וחבר למופת. אבנר היה אהוב על הכל".

בוגרי מחזור ע"ו של "מקוה ישראל" הוציאו לאור חוברת לזכר אבנר ז"ל, החבר והידיד. בחוברת כלולים תיאורי נוף וטבע מפרי עטו של אבנר, וכן דברי מורים, חברים ומכרים על דמותו ועל דרכו.