עם פרוץ קרבות מלחמת יום הכיפורים שימש סגן רפאל אלדן כמפקד מעוז "מפצח" בגזרה הדרומית שבתעלת סואץ. כשתקפו המצרים את המעוז באש ארטילריה ובטילים, היה סגן רפי אלדן מחוץ לחפירות, עובר מעמדה לעמדה ומוודא שאנשיו לא נפגעו, ולעיתים אף שמר במקום החיילים שהיו עייפים. ב-8 לאוקטובר 1973 אזלה התחמושת במעוז. אנשי המעוז, בפיקודו של סגן רפי אלדן, לחמו במצרים בנק"ל, בכלל זה רימונים, ולאחר קרב מר נפל המעוז בידי המצרים. בכל שלבי הלחימה גילה אומץ לב, קור רוח, תושייה ודבקות במשימה למופת.