2000
אוזרחה היאחזות סנסנה ונמסרה לתנועת "אמנה"
קח"ר, תא"ל אלעזר שטרן, מעלה הצעה לביטול מרכז נח"ל העצמאי ולהקים במקומו מרכז נוער וקהילה שיכלול שלושה גורמים במרכז אחד: גדנ"ע – מורות חיילות – נח"ל.
בוצע פיילוט ראשון לאיחוד כלל היחידות שמתחיל במרץ 2002 במרחב צפון וכולל את הגרעינים ביראון, סער, כרמיאל וחצרות יוסף.
עתכ"א סדיר שוקל הפסקת גיוס בנות משקים לנח"ל ומעביר בשלב א' את האחריות מהנח"ל לקצינת ח"ן ראשית (מדובר בכ- 120 חיילות/מפקדות).
מחנה 80 מסיים תפקידו בנח"ל, הכומתה הירוקה הופכת לשחורה (יחידת מגל) וכפיפות מחנה 80 עוברת למז"י (מפקדת זרוע היבשה), תם ונשלם הקשר המסורתי הידוע לנח"ל.
גדוד 903 מתוכנן להתפרק עד יולי 2000 וכול הנקודות שבאחריותו עוברות למרחבים של "מרכז קהילה ונוער" להוציא משל"ט שיפקד על היאחזות אלישע.
אכ"א קבע כי חברי גרעיני הנח"ל יתגייסו עפ"י מכסות בלבד: 230 כ/ק בשנה בשני גיוסים לגדוד 50 ועוד מספר מועט של כ/ל ו- כ/מ, סה"כ יגוייסו לא יותר מ- 300 בנים חברי גרעינים בשנה לצה"ל/נח"ל.
מוקמת הפלוגה המעורבת הראשונה של חי"ר קל בנים ובנות. הפלוגה מורכבת ברובה מחברי גרעין נח"ל מחזור ר"ט לתעסוקה בגבול מצרים (גדוד קרקל 33)
גדוד 50 מחטיבת הנח"ל עוזב אחרון את לבנון כחלק מפינוי דרום לבנון.
הפלחה"ן עזב את מוצב הבופור והפלנ"ט את מוצב דלעת. החלה האינתיפאדה השנייה יחידת החטיבה פועלת ביהודה ושומרון.

2001
הוקם מרכז נוער ונח"ל מאוחד הכולל בתוכו שלושה גורמים: גדנ"ע – מורות חיילות – נח"ל. קצין בדרגת רס"ן מונה לתפקיד רמ"ד נח"ל.
גדוד 903 פורק ותקניו הועברו למרחב גדנ"ע.
משימות לאומיות מבוצעות תחת מרחבי הגדנ"ע ולא במסגרת גדוד 903, גדוד היאחזויות.
גיוס בנות משקים הופסק בהוראת עתכ"א סדיר, תמה מסורת בת עשרות שנים.
היאחזות משכיות נעזבת ומודממת, הגרעינים יוצאים למשימות לאומיות קהילתיות בלבד.
החלה עבודה משותפת אגף-צה"ל על כתיבת נהלים מוסכמים לשימור הנח"ל.
בינואר עוברת היאחזות אלישע לחטמ"ר 417 הנותנת מענה כבסיס בט"ש מול יריחו בתקופת האינתיפאדה.
במרץ עולים ארבע משפחות ומספר רווקים ליישב את רותם.
באוגוסט עוזבים אחרוני חיילי הנח"ל את נגוהות ורחלים ומעבירים המקום לתושבי דרום הר חברון: בנגוהות 15 משפחות וברחלים 20 משפחות.
באוקטובר מתגייסת פלוגה מעורבת שנייה של חי"ר קל בנים ובנות מחזור ר"כ, רובם חברי גרעיני נח"ל. הפלוגה ת"פ אוגמ"ר 80 מאיישת את מוצב כרמית בגבול מצרים.
אושרה הקמת היאחזות באזור חריש, קציר, אום אל פאחם, היאחזות עירון (שם מוצא שגיא).
מוקמת היאחזות קראוונים באנדרטת הנח"ל, היאחזות קהילתית לסיוע לאוכלוסיית מצוקה באזור.
מתגייס מחזור נוסף של פלוגת בני משקים, סה"כ 135 עפ"י מיכסה. הפלוגה מורכבת: 50% קיבוצניקים ו- 50% מושבניקים הנבחרים מבן 600 מועמדים בגיבוש.

2002
בינואר ממונה מפקד למרכז נוער ונח"ל שהגיע מהשריון, אל"מ עופר אופיר. המפקד החדש מציע לבטל את תג הנח"ל וליצור במקומו תג חדש המשלב בתוכו את סמל הגדנ"ע, מורות חיילות והנח"ל. אל"מ אופיר מציע לשנות את מסלול הנח"ל או לפרקו ולהכפיף את המשימות הלאומיות ת"פ צה"ל בלבד.
גדוד 50 וחטיבת הנח"ל במלחמה עיקשת נגד הטרור שנפתח עוד באוקטובר 2001 באינתיפאדת אל אקצה. הצלחות רבות לגדוד ולחטיבה (המח"ט אל"מ יאיר גולן). החטיבה נכנסת ראשונה לעיר פלסטינאית, טול כרם ונלחמת בחומת מגן ברמאללה ובג'נין.
הוקם גדוד נח"ל חרדי "נצח יהודה" גדוד 97 המועבר לפיקוד חטיבה 417 בבקעה אוגדה 162. באוגדה זו משרתת גם חטיבת הנח"ל 933.
גיוס מח"ל (מתנדבי חוץ לארץ), ממשיך מסורת בת 50 שנה. למרות המצב הביטחוני מגיעים מדי שנה כ- 50 מתנדבים מהתפוצות לשירות בחטיבת הנח"ל. מתגייס גרעין "צבר" – בני יורדים לשרות בצה"ל דרך הנח"ל.
במרץ מתגייסת פלוגה שלישית של חי"ר קל, ת"פ אוגמ"ר 80.
תנועות הנוער מוציאות מכתב ונפגשות עם הרמטכ"ל, רא"ל שאול מופז, במטרה להבטיח את המשך קיומו של הנח"ל והסרת האיומים לסגירתו למשך מספר שנים.
ביולי מסיים אל"מ יאיר גולן את תפקידו כמח"ט הנח"ל ואת מקומו תופס אל"מ נועם תיבון, בן קיבוץ צרעה.
הרמטכ"ל החדש, רא"ל משה (בוגי) יעלון, חבר גרעין לקיבוץ גרופית.
נובמבר 2002 אושרו נהלי ופקודות הנח"ל ונחתמו ע"י ראש אכ"א, אלוף גיל רגב, וראש אגף הנוער והנח"ל, בילו מישורי. נהלי הנח"ל הם מסמך מחייב ראשון כהמשך מורה נבוכים שהיה בעבר.

2003
נערך טכס עלייה לקרקע של היאחזות עירון (08/07/2003) בנוכחות שר הביטחון, שאול מופז, מאוישת ע"י גרעיני הנח"ל של הנוער העובד והצופים.
בתאריך 01/11/03 חילופי ראש אגף הנוער והנח"ל, בילו מישורי מסיים 4 שנות פעילות ובמקומו מתמנה אל"מ מיל' איציק תורג'מן מחיל המודיעין (לא מהתנועות).
נובמבר 2003 מתחלף ממ"ר נוער ונח"ל, אל"מ עופר אופיר מסיים את תפקידו ובמקומו מתמנה אל"מ זאב שרוני בעברו חבר גרעין מתנועת השומר הצעיר (מגיע מהשריון).
נובמבר 2003 גיוס פלוגה שלישית לאותה השנה של ח"ג לגדוד 50, עלייה בגיוס לנח"ל הגדוד פועל בהצלחה בגזרת חברון בית לחם, חטיבה 933 מהמבוקשות ביותר לגיוס ע"י מלש"בים.
מעבר לגיוס 3 מחזורים לנח"ל החרדי בשנתון 2003, הגדוד מתפקד בצורה מוצלחת בגזרת הבקעה ויהודה ושומרון, המג"ד סא"ל יונתן ברנסקי.

2004
טכס הקמת גדוד הקרקל, 04/02/2004 , הפלוגה המעורבת בנים ובנות, משרתים בקו הערבה.
מתקיים גיבוש במ"ל בן יום אחד, מתייצבים כ- 500 במ"לים על 135 מיכסות.
בחודש מרץ מתקיים יום עיון באפעל "הנח"ל לאן"? בהשתתפות תנועות, אגף, צבא ומשרד החינוך.
בוטלו הצניחות לפלוגת בני המשקים לנח"ל, תם עידן הצניחות של גדוד 50.
הגיוס לנח"ל של חברי גרעין בעלייה, מתגייסים 3 פלוגות ח"ג לגדוד 50 + 135 בני משק לפיקוד.

2005
הגדס"ר 934 הפך לגדוד סיור מלא והקמת יט"ע , יחידה טקטית עצמאית.
החטיבה לפני ההתנתקות מגוש קטיף וצפון השומרון, לחימה רצופה בג'יהד האיסלמי בצפון השומרון וג'נין, המח"ט רוני נומה.
התנתקות מגוש קטיף, אוגוסט 2005, גדוד 50 עוסק בהתנתקות מצפון השומרון, חיילי פרק המשימה בפינוי בכפר דרום גוש קטיף. גדוד 931 בחומש וסנור (התנתקות).
פלוגת בני משקים ממשיכה לצנוח למרות ניסיונות לבטל את הפלוגה
דינים באכ"א על ביטול במ"ל או פיזורם בחטיבה (נובמבר 06 גיוס במ"ל אולי האחרון).
ראש אכ"א, אלעזר שטרן, מציע לפזר את גרעיני הנח"ל בכלל צה"ל ולשמור על שלמות הגרעין (חיסול הנח"ל באופן עקיף), התנגדות נמרצת של האגף והתנועות.
שם האגף שונה ע"י שר הביטחון שאול מופז – מאגף הנוער והנח"ל והמשימות הלאומיות לאגף הביטחוני-חברתי.

2006
פלוגת במ"ל מגוייסת לנח"ל 100 בלבד, החלטת ראש אכ"א, שטרן, מודיע שנה אחרונה. סה"כ בגיוס 40% בני משק, 40% בני מושב והשאר תלמידי בית ספר של התנועה הקיבוצית.
תנועות הנוער והאגף מתנגדות לפיזור חיילי הנח"ל בכלל צה"ל עפ"י הוראת שטרן, ראש אמ"ש – אכ"א.
פרק המשימה ביישובי הצפון + מורות חיילות משמעותיות מאוד בעזרה בעורף (דוגמת קרית ביאליק).

2007
עצרת חטיבת הנח"ל בבנייני האומה בירושלים – 25 שנה לחטיבה. המח"ט, אל"מ מיקי אדלשטיין.
הקרקל ממשיך בגבול הערבה.
יולי 07 – מלחמה בצפון, חטיבת הנח"ל מרכזית בלחימה.
נח"ל חרדי – הצלחה בפעילות מבצעית בבקעה.
פרק המשימה ממשיך בהצלחה, כולל בשדרות המופגזת בקסאמים.
30 באוקטובר – אביגדור קהלני מסיים את תפקידו כראש האגף ועובר לאגודה למען החייל.
איציק אנגלוביץ, סגן ראש האגף, משמש כמ"מ זמני.
כנס לציון 40 שנה למלחמת ששת הימים בהשתתפות ותיקי הנח"ל שלחמו ברמת הגולן נערך במחנה 80. רבים מהותיקים נכחו בכנס.

2008
שנה ללא ראש אגף, שר הביטחון אהוד ברק, לא מצליח למנות ראש אגף.
התגברות חדירות של פליטים מסודן בגבול מצריים, גדוד הקרקל המוצלח עובר להר הנגב וחוסם בהצלחה את החדירות מהגבול. 70% מהמשרתות בגדוד הן בנות גרעיני הנח"ל.
חטיבת הנח"ל עוברת לקו צפון, 931, 932, הר דוב וגזרת משגב עם, גדוד 50 בגזרה המערבית במוצב זרעית.
גדוד 50 מוציא ספר מורשת המכסה את פעילותו מיום הקמתו ב- 1955 ועד היום.
לראש אכ"א מתמנה האלוף אבי זמיר, חבר גרעין של הנוער העובד לנערן.
פרק המשימה בנח"ל ממשיך בהצלחה ומאושר למשימות ע"י יחידת הנח"ל.
תנועות הנוער ומועצת תנועות הנוער זוכים בפרס ישראל ביום העצמאות ה- 60 למדינת ישראל, על תרומתם רבת השנים לחברה ולמדינה.
גרעיני צבר מגיעים ל- 150 מתגייסים, בני יורדים.
דצמבר 08 הנח"ל החרדי, נצח יהודה, עובר מהבקעה למבוא דותן, אזור ג'נין, על מנת להגביר את הביטחון באזור.

2009
ינואר 09 צה"ל תוקף בעזה, מבצע "עופרת יצוקה" תנועות הנוער בניהול האגף מפעילות פעילות של הוצאת ילדים ונוער לרענון במרכז ובצפון.
האגף מספק כ- 580 אוטובוסים לשלושת שבועות המבצע.
מספר היוצאים לשנת שרות, שלא במסגרת הנח"ל, כ- 1,600.
בתאריך 30/06/09 סגן ראש האגף וראש יחידת הנח"ל, איציק אנגלוביץ, פורש ממשרד הביטחון, לאחר 24 שנות פעילות באגף ושרות ארוך במסגרת הנח"ל, החל מ- 1956 (סגן ראש האגף הראשון היה יאיר דואר עד 1983, מ- 1984 ועד 1996 היה נתן הראל. עד ה-30/6/2009 היה איציק אנגלוביץ סגן ראש האגף).
60 שנה לנח"ל, מפקדת פיקוד הנח"ל, עמותת הנח"ל והאגף מתכננים אירוע מרכזי באנדרטת הנח"ל.
במסגרת מפגשי דורות בנח"ל נערכו כנסים באנדרטת הנח"ל: לוחמי פלוגת הנח"ל במיתלה משנת 1965, מפגש מח"ל לדורותיו כולל מתנדבים מחו"ל, כנס לוחמי מחנה 80 ממלחמת יוה"כ 1973.
חטיבת הנח"ל מסיימת אימון בנבי מוסא ומתוכננת לתפוס קו ברצועת עזה.
עמיקם סבירסקי מבית השיטה מונה ע"י שר הביטחון, אהוד ברק, למ"מ ראש האגף הביטחוני חברתי (נוער ונח"ל), כשנה וחצי אחרי עזיבת אביגדור קהלני.
עמותת הנח"ל מפעילה את האנדרטה לעשרות אלפי חניכים, בשיתוף משרד החינוך, כאתר הנצחה פעיל.
נפטר משה נצר, מפקד הנח"ל השני ור' האגף בסוף שנות ה-60 – בגיל 87, בקיבוץ רמת יוחנן. בהלוויה הספיד סגן שר הביטחון, מתן וילנאי.
שר הביטחון אהוד ברק מינה את מתן וילנאי, סגן שר הביטחון, כאחראי על נושא האגף במשרד הביטחון.
נערך כנס הוקרה במשרד הביטחון למתנדבי שנת השירות ע"י האגף. השנה שירתו במסגרת שנת השירות 1,600 מתנדבי שנת שירות ו-900 חברי גרעין נח"ל במחנות הכנה כמתנדבי שנת שירות. סה"כ כ-2,500 דחויי שירות.
תא"ל (מיל') יוס אלדר מונה כממלא מקום של איציק אנגלוביץ, שפרש לגמלאות.
מפקדת מערך מג"ן נערכת לחידון הנח"ל, וחוזרת למסורת העבר. האירוע נערך באחריותו של סגן מפקד מערך מג"ן, סא"ל חיים כהן ורמ"ד נח"ל, סרן יואל לוי.